Die Dreiflüssemusikanten haben auch Tonträger aufgenommen.
Noch unter dem Mantel der Stadtkapelle Passau entstanden zusammen mit dem HM-Studio, Türkheim, im Jahr 1996 die CD Einmal Bayerisch, einmal Böhmisch, sowie 1997 die CD Schöne Stunden, schöne Tage, letztere ausschließlich mit Werken aus der Feder von Manfred Herre.
Im Jahr 2004 wagte man sich schließlich wieder ins Studio. Dabei entstand zusammen mit dem Studio80 aus Bad Wörishofen die CD Die Blasmusik ist da!
Ein ganz anderes Projekt ließ sich 2005 verwirklichen. Zusammen mit der Produktionsfirma Sinzinger Film + TV konnte ein Musikvideo - Ein Herbstspaziergang durch die Stadt Passau - erstellt werden.
Die Tonträger lassen sich direkt über die Dreiflüssemusikanten beziehen.
Die Musik von Manfred Herre und Franz Gerstbrein gibt es auch auf Noten.